Los aliados estratégicos internacionales de BANFONDESA son: el Banco Europeo de Inversiones (BEI), Agencia Francesa de Desarrollo (AFD), Corporación Financiera Internacional (IFC)- Grupo Banco Mundial, y la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID).
A nivel local, sus principales aliados son el Banco Popular Dominicano, Banco BHD León, Banco de Reservas, Banco ADEMI, Corporación Zona Franca Industrial de Santiago, Fondo para el Financiamiento de la Microempresa (Fondo Micro), Asociación para el Desarrollo, Inc. (APEDI), Universidad ISA, Fundación Tropicalia, PUCMM y Fundación Cisneros.